ммм...

настроение было не на высоте и чтобы немного взбодриться написал небольшой файлик для раскраски .gdl файлов в vim(сочетание цветов отвратительное, так что его нужно бы поменять... да и сам скрипт далеко не совершенен)):

if exists("b:current_syntax")

finish

endif

let b:current_syntax="gdl"

syntax match Keyword /graph:/

syntax match Keyword /node/

syntax match Keyword /edge/

syntax match Keyword /source/

syntax match Keyword /target/

syntax match Keyword /title/

highlight Keyword ctermbg=Blue guifg=Blue

syntax match variable /polar/

syntax match variable /yes/

"syntax match variable /no/

highlight variable ctermbg=Red guifg=Red

syntax region Statement start=/"/ end=/"/

highlight Statement ctermbg=Yellow guifg=Yellow

"syntax region Set start=/{/ end=/}/

"highlight Set ctermbg=Green guifg=Green

а вот скриншот того, что получилось в итоге:

aiSee - сотни тысяч вершин и рёбер?

мде... на оф. сайте гордо заявляют:

aiSee вам предоставляет возможность:

быстро визуализировать даже очень большие графы с сотнями тысяч узлов и рёбер

сегодня попробовал визуализировать граф всего  с 65536 вершинами и с тем же количеством рёбер...
увы и ах, полчаса программа думала и в итоге не смотга ничего надумать, после чего была выключена
а в тех поддержку было написано письмо с вопросом о оценке временной сложности алгоритмов визуализации